クロオコッカス目

クロオコッカス目：単細胞性、窒素固定するものとしないもの、鞘状の多糖類を分泌するものとしないもの、桿状もしくは球状の細胞な形態を示すものがある。グロエオバクター目：形態的には単細胞であるが、細胞内にチラコイド膜が存在せず、16S RNA系統でももっとも古く分岐したとされる。このような分裂は原核生物では他に例を見ない。鞭毛を持つものはないが、線毛をもち単細胞で運動するものや糸状細胞が活発に滑走運動を行うものがある。形態分類と系統による分類が一致しないことが多く、混乱している。

プレウロカプサ目：単細胞性で、baecytes（内生胞子）を生じる。したがって、種小名は未決定(sp.)となっているものも多い。ネンジュモ目：細胞が一列につながって糸状体を形成し、必要に応じて窒素固定のためのヘテロシストを分化する。baecytesは、複数の細胞分裂によってひとつの細胞から2?1000個生じる。窒素固定をするものがあり、ヘテロシストを形成してその細胞だけで窒素固定をするものと、ヘテロシストのような特別な細胞分化をせずに夜間にすべての細胞が窒素固定するものなどがある。
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